Un nuevo estudio publicado en la revista Nature Medicine —que propone formas innovadoras de mejorar el rastreo de contactos en la comunidad, herramienta capital para controlar la propagación del SARS-CoV-2—, demuestra la utilidad de unir a este esfuerzo datos genómicos sobre el virus, explica el Doctor Francis Collins, en su Blog del Director de los Institutos Nacionales de Salud de Estados Unidos (NIH).
La llamada vigilancia genómica —define— se basa en la idea de que cuando el virus se transmite de persona a persona durante unos meses, puede adquirir variaciones aleatorias en la secuencia de su material genético. “Estas variaciones únicas sirven como ‘huellas digitales’ genómicas distintivas”.
Así, “los investigadores pueden identificar los genomas del SARS-CoV-2 obtenidos de personas recién infectadas cuando la COVID-19 comienza a circular en una comunidad, y determinar si ese virus en particular se ha propagado localmente durante un tiempo o si acaba de llegar de otra parte del mundo”. Además, “puede mostrar dónde se ha propagado el subtipo viral a través de una comunidad o cuándo ha dejado de circular”.
De acuerdo con el reporte de Collins, el equipo científico a cargo del estudio, que estuvo dirigido por Vitali Sintchenko, de la Universidad de Sydney, trabajó en paralelo con rastreadores de contactos del Ministerio de Salud de Nueva Gales del Sur (NSW), el estado más poblado de Australia, para contener el brote inicial de SARS-CoV-2 desde finales de enero hasta marzo de 2020.
Al particularizar en la investigación, el texto detalla que los científicos, para comprender los patrones de transmisión local, realizaron vigilancia genómica a partir de datos de secuenciación obtenidos aproximadamente en cinco días.
De los 1.617 casos conocidos en Sydney durante el período de estudio de tres meses, secuenciaron genomas virales de 209, el 13 por ciento. Cuando “compararon esas secuencias con otras que circulan en el extranjero, encontraron una gran diversidad de secuencias, lo que indica que el nuevo coronavirus se había introducido en Sydney muchas veces desde muchos lugares de todo el mundo”.
Luego —agrega Collins— utilizaron los datos de secuenciación para comprender mejor cómo se estaba propagando el virus a través de la comunidad local.
Encontraron que los 209 casos en estudio incluían 27 huellas genómicas distintas. Basados en la “estrecha similitud de sus huellas genómicas, una parte significativa de los casos de COVID-19 parece haber surgido de la propagación directa del virus entre personas en lugares o instalaciones específicas”.
En este sentido, el autor subraya que la evidencia genómica ayudó a proporcionar información que, de otro modo, los rastreadores no habrían tenido. “Por ejemplo, los datos genómicos permitieron a los investigadores identificar vínculos previamente insospechados entre ciertos casos de COVID-19. También ayudó a confirmar otros enlaces que no estaban claros”.
Finalmente, el reporte indica que los científicos utilizaron la evidencia genómica para agrupar casi el 40 por ciento de los casos de COVID-19 (81 de 209) para los cuales los datos basados en el rastreo en la comunidad, por sí solos, no pudieron identificar una fuente de contacto conocida para la infección.
“Esto incluyó 26 casos en los que un individuo que había llegado recientemente a Australia desde el extranjero transmitió la infección a otros que no habían viajado. La información genómica también ayudó a identificar fuentes probables en la comunidad para otros 15 casos adquiridos localmente que no se conocían según los datos de la comunidad”.
Por otra parte, los datos de vigilancia del genoma fueron comparados con la propagación esperada del SARS-CoV-2, según el modelo de una simulación por computadora basada en el viaje hacia y desde Australia durante el período de tiempo en cuestión.
Pero como el estudio involucró solo el 13 por ciento de todos los casos conocidos de COVID-19 en Sydney entre finales de enero y marzo, “los datos genómicos presentaron una imagen incompleta, detectando solo una parte de las posibles cadenas de transmisión esperadas en el modelo de simulación”.
No obstante, “los resultados demuestran el valor de los datos genómicos para rastrear el virus y determinar exactamente en qué parte de la comunidad se está propagando, lo cual puede ayudar a llenar vacíos importantes en los datos basados en el rastreo en la comunidad”. (Tomada de Cuba en Resumen).
